公元1619年三月初一，杜松军突出冒进，已进至萨尔浒，分兵为二，以主力驻萨尔浒附近，自率万人进攻吉林崖。
努尔哈赤看到杜松军孤军深入，兵力分散，一面派兵增援吉林崖，一面亲率六旗兵4万5千人进攻萨尔浒的杜松军。
次日，两军交战，将过中午，天色阴晦，咫尺难辨，杜松军点燃火炬照明以便进行炮击，后金军利用杜松军点燃的火炬，由暗击明，集矢而射，杀伤甚众。
此时，努尔哈赤乘着大雾，越过堑壕，拔掉栅寨，攻占杜军营垒，杜军主力被击溃，伤亡甚众。
后金驻吉林崖的守军在援军的配合下，也打败了进攻之敌，明军西路军主将总兵杜松、保定总兵王宣、原任总兵赵梦麟，都在战斗中阵亡。
明西路军全军覆没。
明军主力被歼后，南北两路明军形孤势单，处境不利。
公元1619年三月初一的夜里，明朝北路军由马林率领进至尚间崖，得知杜松军战败，不敢前进，将军队分驻三处就地防御。
马林为保存实力，环营挖掘三层堑壕，将火器部队列于壕外，骑兵继后。又命部将潘宗颜、龚念遂各率万人，分屯大营数里之外，以成犄角之势，并环列战车以阻挡敌骑兵驰突。
努尔哈赤在歼灭杜松军后，即将八旗主力转锋北上，去尚间崖方向迎击马林军。
公元1619年三月初二早晨，马林军队刚要拨起扎营的器物准备向南进军，发现努尔哈赤率领的军队到了，就率军队重回宿营地重新扎营布列战阵，阵列方形，营地四面昨夜挖有三道壕沟，壕沟外排列大炮，放炮的兵皆徒步站立炮后，大炮的外层，又密密排列一层骑兵，骑兵的前面再排列火枪队，其余众兵都下马，进入三层壕内的营中列阵。
后金军先派一部骑兵横冲明将龚念遂营阵，接着以步兵正面冲击，攻破明军车阵，击败龚军。到中午12点的时候，努尔哈赤赶到了马林所扎大营的地方。
马林营地的东边有一山。
努尔哈赤说：“我们的士兵应当先占东边山上的高地，从山上居高临下的向西方山下的马林军的军营冲击，我们就能把马林的军队打败”。
努尔哈赤说完，率亲卫军及二旗众兵全体离营向东，来到东山南坡山脚下，准备从南坡登山。
这时马林与后金军对峙一上午后，见后金的援兵已到，在帅旗下聚集起来的兵加起来也不过二旗再加四五千人，他认为后金的兵总数也就这些了，加上后金兵离营移军向东，队不成列，于是马林决定主动出击决战，他命令营内士兵出营与营外的骑兵和火枪队汇合，大军主动向位于明营东边的后金军队发起攻击。
努尔哈赤在山上向西看，见大明营内军兵与营外壕外的军兵汇合，努尔哈赤就说：“这样子是明军要来主动攻击我们了，不用登山了，可以下马跟他们徒步作战。”
代善就从山的左侧，也就是南坡下山到山脚下，命令他的二旗士兵下马准备步战。
下马的人才四五十个人，大明军队就从西面来攻上来了。
代善对努尔哈赤说：“我应当领兵前进。”随即，策马迎敌，直杀入明军的队伍中。
随后诸贝勒与各位率兵的台吉等分别投入杀明兵，两军混战，明军败退，进攻的明军被杀大半。
这时，追杀龚念遂部逃兵的六旗兵战斗结束，急急忙忙赶来了，看到两军正战，这六旗兵先到的不等后面军队到来，也来不急整顿队伍，直接攻击明军马林的大营。