不过，我们可以肯定的是，朱翊钧虽然不上朝，但是不上朝之后，并没有宦官之乱，也没有外戚干政，也没有严嵩这样的奸臣，朝内党争也有所控制，万历对于日军攻打朝鲜、女真入侵和梃击案都有反应，表示虽然忽略一般朝政，还是关心国家大事，并透过一定的方式控制朝局。
只是，到了后期，这才显示出了他不上朝的弊端。
就在朱翊钧宗晏处深宫，“万事不理”，导致从内廷到外廷闹得不可开交之际，辽东后金迅速崛起，不断出兵南犯，向明军发动进攻，辽东战争爆发。
万历四十四年，公元1616年正月初一日，后金政权正式建国，终于成为明朝的主要威胁。
这是朱翊钧最大的犯错，就是坐由后金，也就是后来大清的强大。
他要是亲理朝政，发现后金的崛起，马上去压制的话，那么，就没有后来大清的强大，从而导致明朝的灭亡。
后金的崛起后，明朝辽东的形势也随之每况愈下。尤其是经过东征援朝战争和矿税使高淮乱辽以后，辽东边防空虚，军民困甚，供应艰难，加上朱翊钧用人不当，明军屡屡败北。
万历四十七年，公元1619年三月，萨尔浒之战，明军四路大军，三路全军覆没，丧师九万，败局遂成，这也是明朝由盛转衰的转折点。
后金是居住在中国长白山一带的建州女真在晚明时建立的政权。
北宋末期，女真完颜等部建立金国，从东北进入黄河流域，另一些部落仍留居东北。
明初，这些留居东北的女真部落主要分为建州、海西、东海三大部。
公元1583年至公元1588年，建州女真首领努尔哈赤统一建州各部，又合并了海西与东海诸部，控制了东临大海、西界明朝辽东都司辖区、南到鸭绿江、北至黑龙江以北外兴安岭等广大地区。
努尔哈赤在统一女真各部过程中，确立了兼有军事、行政、生产三方面职能的八旗军制。
八旗士兵出则为兵，入则为民。八旗初建的时候，只分黄、白、红、蓝四色旗帜。公元1614年又增编镶黄、镶白、镶红、镶蓝四旗，共为八旗。
女真人分编在八旗中，每旗可出兵七千五百人，共有兵力六万余人，其中主要为重步兵。
此外，还修筑了赫图阿拉等城堡，补充马匹和战具，屯田积粮，积极备战。
公元1616年，努尔哈赤建立后金，年号天命，称金国汗，以赫图阿拉为都城。
明朝自然意识到后金的威胁，所以，在东北设官置治，建卫设防。
万历期间，从鸭绿江至嘉峪关设置“九边”即九个重镇，其中辽东辖今辽宁大部地区。
明朝对女真各部的统治，一面以羁糜政策笼络其首领，封官晋爵赏赐财物；一面分化女真各部，使其互相对立，以便分而治之。
在明与后金对抗中，居于开原附近的女真族叶赫部，为避免被努尔哈赤吞并，依附明朝，反对后金。
鸭绿江以东的朝鲜李氏王朝，也倾向于明朝。
蒙古察哈尔部，住在归化城与承德之间，与后金对立，但同明的关系也好坏无常。
住在大兴安岭南部的蒙古科尔沁部与住在大凌河以北的蒙古喀尔喀部，倾向并依附后金，常与后金配合，袭扰辽东。