万历三大征之后，天下太平，朱翊钧开始沉湎于酒色之中，他的身体虚弱，每况愈下。
这也是朱翊钧执政中后期，几乎很少上朝的原因。
他处理政事的主要方法是通过谕旨的形式向下面传递。
“万历三大征”期间，边疆大事的处理，就已经是通过谕旨的形式，而不是大臣们所希望的“召对”形式。
在三大征结束之后，朱翊钧对于大臣们的奏章的批复，似乎更不感兴趣了。
同年，礼部主事卢洪春奏曰：“陛下日夜纵饮作乐”。
此后，大臣们为争立皇太子，朝廷上演了旷日持久的“国本之争”。
明末官僚队伍中党派林立，门户之争日盛一日，互相倾轧。
东林党、宣党、昆党、齐党、浙党，名目众多。
在东林党争无休无止之时，由于朱翊钧私爱贵妃郑氏之子、福王朱常洵，坚持其王府庄田“务足四万顷之数”，才肯让其出京之国，于是在朝廷又掀起了一场长达七八年之久的福王庄田之争。
福王之国洛阳，刚刚过了一年，万历四十三年，公元1615年五月初四日酉时，又发生了晚明历史上著名的梃击案，作案的是一个名叫张差的蓟州男子，史称“梃击案”。
过程很简单，就是张差拿着木棍，冲进宫里去打皇太子。
他的行为，当然是不能得逞的，问题是，他是怎么冲进皇宫的？
这是一个严肃的问题。
皇太子以为“必有主使”，奏请严查。
他所说的主使之人，矛头指向了郑贵妃。
郑贵妃一再指天发誓，自明无他。
朱翊钧见事涉郑氏，加上多年来人们一直议论他不善待皇太子，感到事情重大，怕火烧自己，很快就亲自定张差为“疯癫奸徒”，并命“毋得株连无辜，致伤天和”，只处决张差及与之有关的太监庞保、刘成二人，并特地为此于同月二十八日，一反常态，二十五年来第一次召见大臣，宣布他的命令，将此案草草收场 。
万历二十五年，公元1597年，右副都御史谢杰批评朱翊钧荒于政事，亲政后政不如初：“陛下孝顺父母、尊祖、好学、勤政、敬天、爱民、节约开支、听取意见、亲人和贤人，都不能够像当初一样。”
朱翊钧完全不理会。
朱翊钧统治的后期，方入内阁的廷臣不知皇帝长相如何，于慎行、赵志皋、张位和沈一贯等四位国家重臣虽对政事忧心如焚，却无计可施，仅能以数太阳影子长短来打发值班的时间。
万历四十年，公元1612年，南京各道御史上疏：“台省空虚，那些致力于废除掉，皇上深居二十多年，从来没有一个接见大臣，天下将要沦陷的忧虑。”
首辅叶向高却说皇帝一日可接见福王两次。
万历四十五年，公元1617年十一月，“部、寺大官十缺六、七，风宪重地空署几年，六科只剩下四个人，十三道只剩下五人。”