重新回到朝廷的张居正，对皇帝管束得越来越严！
皇帝备办六宫赐物，太仓提供的钱财很多。
张居正就户部呈皇帝过目的清单发表意见，称每年太仓入不敷出，奏请皇帝坐下休息时抽空浏览一下清单，量入为出，节省过量的开支。
他的奏章送上去，皇帝留了下来。
朱翊钧又命令工部铸造钱币支付开支，张居正认为获利抵不上耗费制止了此举。
有些官员劝谏皇帝，奏请在苏、松地区停止织造活动，朱翊钧不听。
张居正见了，当面向朱翊钧奏请，朱翊钧无奈，这才同意减去大半。
张居正还奏请皇帝停止修建武英殿，以及裁减对外戚升官的恩惠，皇帝多数违心地顺从了他。
朱翊钧到文华殿，张居正侍讲读完毕，告诉皇帝给事中呈送的有关灾害的奏章，请求赈济。
他又说：“皇帝爱民如子，但是有司们在外损公肥私，盘剥百姓欺骗皇帝，应该依法严惩。皇上努力节省，把宫中的一切开支、服饰、赏赐物、布施品，裁减或禁止。”
朱翊钧点头同意，对一些地方税粮予以蠲免。
张居正认为江南的贵族豪强仗势违法、奸诈狡猾的官吏和百姓长于拖欠赋税，挑选精悍的大官吏严格督导责罚。赋税因此按时输送，国库日益充实，但是豪强和狡猾的官民都怨恨张居正。
张居正还联合了内宫的冯保，早晚巡视皇帝的起居，皇帝稍有不是，马上报告给慈圣皇太后。
慈圣皇太后管教皇帝很严格，每次责备他，就说：“假使张先生知道了，会怎么样？”
朱翊钧因此很害怕张居正。
他逐渐长大后，心中开始厌烦张居正。
对比起乾清宫小宦官孙海、客用等人，他们陪伴皇帝游玩戏耍，比起日夜板着脸的张居正来，那是天壤之别。
一个人，开始讨厌一个人的时候，那是厌烦见到他；逐渐发展下去，由厌到恨，恨不得让他死去！
朱翊钧对张居正，就是如此。
慈圣皇太后听说皇帝整日和太监们玩，当下派冯保把孙海、客用抓起来，杖责后驱逐了他们。
张居正又逐条列举这些小内侍的罪恶，请求贬逐他们，指令司礼和内侍们自己陈述，皇帝裁定他们的去留。
张居正还趁机劝告皇帝戒除游玩和宴乐重视起居，精神专注以便增添圣上的后代，节制赏赐以便减少浪费，拒绝珍玩以便养成好习尚，亲理国事以了解政治事务，勤奋学习以便资助治理朝政。
朱翊钧受太后的逼迫，没办法，都答复可以，但是内心恨死了冯保和张居正。
朱翊钧盼望着亲政的那一天，因为亲政了，意味着权力回来了！
他亲政后，张居正编纂古代治乱的事例一百多条，绘有图画，用通俗的话进行解释，让皇帝容易理解。
之后，又嘱咐儒臣记录太祖列圣的《宝训》、《实录》，分类编成书，共有四十条例：创业艰难，励精图治，勤奋学习，崇敬上天，效法先祖，保护百姓，谨慎祭祀，崇尚孝敬，开创好风尚，注意起居，戒除游荡，端正皇后和妃子的住处，教育太子，和睦宗族、藩国，亲近贤臣，远离奸邪的人，接受劝告，治理财产，遵守法律，告诫禁忌，办实事，端正纲纪，审察官吏，固定职位，加重地方太守县令的职权，驾驭亲幸的人，正确对待外戚，重视农业，提倡教化，明确赏罚，讲求诏书和命令的信用，慎重处理名分，裁减贡物和献祭，慎重地赏赐，敦促节俭，刑罚和狱审要慎重，表彰功德，摒弃异端，整顿武备，防御北方少数民族。
这些话，就是在警诫皇帝，对他继续管束。
张居正还请求在皇帝读经的空暇为他讲解，并奏请设置皇帝起居注，记录皇帝的言行和朝廷内外的事情，每天派四名翰林官负责，及时著文做诗，准备皇帝顾问。
朱翊钧这才知道，在张居正这座大山下，就算亲政，也别想自由！
张居正一方面对皇帝管束很严，另一方面却自己重用自己人。
他把冯保的门客徐爵提拔为锦衣卫指挥同知，负责南镇抚司事。
他自己的三个儿子都在科举考试中列为上等。
至于他身边仆隶出身的游七出钱买官，有功劳的皇族亲戚和文武大臣很多人同他交往，缔结姻亲。
游七衣冠整齐地拜见张居正，被列入士大夫中。
这些做法，使得张居正令人侧目。
过了不久，张居正患病。