贞观十六年，房玄龄和高士廉等人合作编写成《文思博要》一书，赏赐非常丰厚。
他被提升为司空，仍然统管朝廷政务，主持编撰本朝历史。
房玄龄呈表直言请求辞职，李世民派遣使者对他说：“西汉张良辞让官职，东汉窦融谢绝荣誉，自己警惕‘水盈则溢，月满则亏’的规律，能够知难而进、激流勇退，善于见好就收、知足常乐，前人传为美谈。您也仿效前贤先哲，实在应该赞美。不过朝廷多年重用您，一旦突然没有了您这样的贤相，就像失去了两条臂膀。您如果身体还好，就别再这样辞让了。”
房玄龄只得作罢。
贞观十七年，房玄龄与司徒长孙无忌等人绘了肖像陈列在为表彰功臣而建造的凌烟阁，为他写的赞词说：“才兼藻翰，思入机神。当官励节，奉上忘身。”
李治当时是东宫太子，房玄龄兼任太子太傅，仍然执掌门下省的政务，继续主持编撰本朝历史。不久，由于完成了《高祖、太宗实录》的撰写任务，朝廷颁发玉玺封记的文书嘉奖，赏赐丝绸一千五百段。
这一年，房玄龄因继母去世离职回家守孝，李世民特地命令用昭陵墓地安葬他的继母。
没过多久，又召回他官复原职。
李世民御驾亲征辽东，命令房玄龄留守京城，写下手谕说：“您担当如同汉王刘邦的丞相萧何留守关中一样的重任，我就没有后顾之忧了。”战车装备，军队粮饷，都委托他安排发送。
房玄龄多次对李世民说不能轻敌，要特别警惕小心。
不久与中书侍郎褚遂良接受诏令重新编写《晋书》，于是奏明李世民，调来太子左庶子许敬宗、中书舍人来济、著作郎陆元仕和刘子翼、前雍州刺史令狐德盞、太子舍人李义府和薛元超、起居郎上官仪等八人，分担收集记录工作，以臧荣绪主编的《晋书》为蓝本，参考其他各种版本，很是详尽严密。然而修史官员大多是善于作文吟诗的文人，喜爱收集奇异怪诞的琐事，以扩大宣扬新奇的人物事件；写的评论文字，一味追求华丽，不讲忠于事实，因此遭到有学识的人的批评。只有李淳风很懂天文历法，善于写作，他写的《天文志》、《律历志》、《五行志》，最值得一读。
太宗亲自撰写了《宣帝论》、《武帝论》以及《陆机论》、《王羲之论》，因此全书署为“御撰”。
贞观二十年，全书编写成功，共一百三十卷，诏令藏到宫廷收藏珍稀书籍的秘府，按照等级给编撰人员赏赐奖品提升官职。
房玄龄当然也有犯错的时候，他因小过失主动申请回家闲居。
黄门侍郎褚遂良忙呈递奏疏说：“国君是脑袋，臣子就是四肢，龙一腾跃云就兴起，不用呼唤就会聚集，如果时机一到，那真是千载难逢不可错过。陛下昔日当百姓时，心怀拯救黎民于水深火热的志向，手提锋利的宝剑，兴起仁义之师。平定各处暴乱，都是您的神功，文事方面的工作，多靠臣属辅佐。臣属中竭尽心力的，房玄龄首屈一指。历史上的姜太公扶助武王姬发灭商建周，伊尹辅佐商汤灭夏建商，萧何留守关中帮助汉王刘邦灭楚兴汉，王导扶持司马睿统一江南建立东晋，同这些人比，房玄龄是配得上的。再说高祖武德初年他投奔义军事奉陛下，忠诚勤勉谦恭孝敬，大家都崇敬他。前东宫太子李建成、海陵郡王李元吉，依靠恶人制造祸乱，陷害谋杀陛下，秦王府人人惶惶不安，处于累卵、倒悬似的危急时刻，生死存亡系于一旦，房玄龄的耿耿忠心，始终不曾改变。”
李世民见了，留任房玄龄。
这事，再次显示了房玄龄强大的人际关系。