由于大明在大员没有军队他们得以在大员海外的一个鲲身岛（沙洲）上建筑城堡起名为热兰遮城（今安平古堡）从此开始为祸此地。
关于大员名称的由来据说是由闽南话“台员”转音而来。
从此整个台湾岛都被这些殖民者称作“大员”直至清朝才正式更名为“台湾”并设置了台湾府隶属于福建省。
这就像澳门被佛郎机人误称为“马靠”一样只不过是一伙搞不懂汉语的佛郎机人首次登陆的地点叫“妈阁”而已。
值得一提的题外话是这个带路党是一个与颜思齐同时期的大海盗泉州人李旦此人海上作风强悍洋人都称他为“甲必丹李旦”。
“甲必丹”（captain）一词是船长的意思为佛郎机人统治马尼拉时期对汉人领袖的称呼直至很久的后来才引申为陆军上尉或海军上校。
而在此时期担任李旦翻译的就是小名一官的郑芝龙这件事之后郑芝龙才正式归附了同一年也来到台湾的“日本甲螺”（倭寇首领）颜思齐并很快得到重用第二年便成为其接班人。
说起来虽说郑芝龙海盗习气不改因算计过度而晚节不保反误了卿卿性命但其实此人是个大才。
他自小不喜读书性情逸荡有膂力好拳棒还热衷剑术因此不受其父喜爱。
十八岁时郑芝龙与兄弟们齐至濠镜在舅父黄程处学习经商为其舅贩卖白糖、奇楠、麝香等货物。
在与佛郎机人打交道的过程中他学会了卢西塔尼亚语（又被称作犹太—葡萄牙语今已基本失传）和葡萄牙文还到过马尼拉会说一口流利的葡萄牙话。
直至后来他又常来往日本由此学会了日文居然还得到了幕府将军德川秀忠的召见因此受到平户藩松浦家的优遇并娶了其家臣田川氏的女儿为妻即郑成功的生母。
就这样咳咳郑芝龙居然成长为一名通晓闽南语、南京官话、日文、荷兰文、西班牙文、葡萄牙文的语言专家！
另外他还受舅父影响接受了天主教洗礼取教名为尼古拉斯是以洋人都称他为尼古拉斯?一官（nicholas iquan）。
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第二年一月荷兰东印度公司指派首任总督宋克抵达大员仅用15匹棉布就骗去了台南陆上一大片土地建筑了普罗民遮城（今赤嵌楼）作为殖民统治的中心并渐渐向南北两个方向扩张。
往南他们征服原住民占据了打狗港（今高雄港）往北他们以武力控制了笨港一带（位于今台中地区云林县）北港溪沿岸的移民村落。
崇祯十五年（1642年）荷军进攻位于台北鸡笼屿（今基隆港）的西班牙殖民军将其驱逐出大员从此全岛沦为荷兰人独占的殖民地。
荷兰殖民者实行强制统治他们不但在军事上重重设防而且采用极为严厉的政治制度来维护野蛮的殖民统治施尽巧取豪夺之能事。
他们大肆掠夺大员的资源把大员当时的可耕土地全部掠夺作为“王田王园”对农民进行农奴式的剥削强迫汉人和原住民缴纳各种繁重的租税大肆掠夺他们出产的米、糖并将其收购的中国生丝、糖和瓷器转口运往各国牟取高额利润。
农民稍有不满他们便进行残酷的军事镇压经常派兵包围村庄进行血腥屠杀常常采用车裂、火烧、钉十字架等酷刑残酷镇压敢于反抗的百姓。
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