所以像是用相对论，量子力学补充牛顿力学那样一种类型的理论创新和革命，是机器文明暂时难以做到的，这对他们进一步发展来说是一个瓶颈，是必须要突破的障碍。
随着时间的流逝，人工智能机器早已迅速学会了利用其他能源，完全可以抛弃人体生物电。
然而机器的创造性不如人类，作为人工智能机器的创造者，机器决定向他的造物主学习，所以才留下了人类。
矩阵可以观察人类的各种活动，来实现自我学习，学习的结果用于母体的升级改造和人工智能机械的改造。
这个矩阵经过了6次版本升级。最后来到了最关键的版本升级，就是让电脑人拥有感情。以此来观察人类感情对于生命进化的意义。
这是一次危险的尝试，有可能会导致人工智能的全面自我崩溃，而男主角尼奥就是这次升级的关键因素。
人类的头脑是一个复杂的超混沌动力系统，有正的李亚普诺夫指数和拓扑熵，人类思考时的非逻辑性跳跃性会帮助人类产生一些很新鲜的思想。
而且一些表面上看来无用的想法思路研究，也会被人类社会所保留，并在一定程度上得到开拓发展，成为未来可能具有重大实际意义的理论创新的萌芽。
任何真正伟大的创新一开始很可能被认为是没有实际用途的空谈，群论，拓扑学，黎曼几何，集合论等等一开始都被认为是抽象的数学理论游戏，没有什么实际意义，但后来却成为现代科学的基础。
而如果存在一个机器智能文明的话，他们的思维严格遵循逻辑运算，而且一旦发现无用的思维或程序，总是加以删除或限制。
这样一来，会严重阻碍他们理论创新能力的发展，也就严重阻碍了他们文明的进化。
电影里，那些机器自己也意识到了这一点。
但仅仅意识到这点是不够的，因为仅仅是放任无目的程序的存在和泛滥，并不意味着机器文明能发展出自己的创新能力来。
一方面这会导致无法预料和控制的结果，有时这种结果可能是毁灭性的。
这是由机器文明信息交换速度极高，至少几十万倍于人类，以及整个机器智能系统高度复杂性决定的。
另一方面即便那些有潜力发展成为真正的创新的无目的程序，如何能发展成长起来，不被杀毒程序清理，不被埋没浪费，也是一个问题。
所以机器智能文明实际上处于两难境地，严格执行无用程序删除或限制的原则，则他们文明永远只能在一个水平上重复，而不会出现真正革命性的进步。
但如果不严格执行这个原则，那么他们的整个文明本身的生存都有可能受到威胁。
正是出于这个原因，他们设立矩阵系统来尝试解决这个两难问题。
利用人类在矩阵系统中产生的创新的思想火花为自己的进一步发展提供动力，这是矩阵作为能源的真实用意。
一开始机器文明确实单纯地想要这种方式一劳永逸的解决问题，但是矩阵系统的运行并非如此顺利。
所以当机器文明设立第一个矩阵的时候，他们可能仅仅是单纯的榨取人类头脑中的创新。
不过他们或许准备了两种可能性。
如果这个系统运行顺利，就把人类一直利用下去。
否则就采取矩阵升级的战略，直至矩阵革命，彻底摆脱人类。
电影里代号为“建筑师”的高级智能程序设计的第一个完美矩阵系统的崩溃，表明人类的头脑有太多的不确定性不稳定性，并不是一个信任依赖的工具。
于是从第二代矩阵开始，设立了先知负责研究人类的心理，研究最终如何摆脱人类，使机器文明具备独立创新的能力，同时也建立了包括主角尼奥这个程序，锡安世界在内的一系列配套的矩阵升级机制稳定机制。
这样矩阵有两个任务，一个任务是榨取被接入矩阵中的人类头脑中的创新思想。这个任务由智能程序建筑师来负责。
另一个任务是研究如何使得机器文明获得摆脱人类独立进行创新的能力，同时又能保证机器文明本身的安全，防止出现无法预料无法控制的结果，这个任务是由先知来完成。
所以建筑师竭力保持矩阵的平衡，并负责对矩阵定期升级，而先知则在矩阵中研究人类心理。设法找出人类创新能力的奥秘，并寻找机会，促使平衡打破，使矩阵革命的条件成熟。