艾吉奥回到弗洛伦萨成功夺回苹果。随着艾吉奥收集的阿泰尔密函越来越多刺客组织也从中拼出了一个世界地图并通过苹果找到了更多的神秘地点。艾吉奥为了进入地下密室独自闯入西斯廷教堂击败了教宗亚历山大六世并打开地下室的隐藏通道从先行者口中得知了人类在未来将会面临重大灾难的预言。
艾吉奥和叔叔马里奥回到了蒙特里久尼但这里再度遭到圣殿骑士的攻击叔叔马里奥被杀艾吉奥中枪逃走金苹果也再次落入了圣殿骑士手中。
艾吉奥来到罗马不断地削弱圣殿骑士的势力夺回金苹果的艾吉奥在苹果的指引下把它藏在了罗马斗兽场下的神殿等待着五百年后某个人的出现。
艾吉奥稳固了刺客组织在意大利的势力将整个刺客组织发展壮大。在某次阅读叔叔马里奥的文档时艾吉奥发现了一封他父亲的来信提及了一个隐藏在著名刺客阿泰尔出生地马斯亚夫的秘密图书馆。
艾吉奥踏上了前往马斯亚夫的旅途经过了整整十个月的长途跋涉才最终抵达。但意想不到的是迎接他的竟然是大批的圣殿骑士。在幻觉中艾吉奥看到了一名白衣刺客也就是宣传cg中的那一幕。
成功逃离后艾吉奥询问了被圣殿骑士劫持的工人知道原来这些圣殿骑士也在寻找进入图书室的方法。
在马可·波罗的父亲尼克罗·波罗书籍的指引下艾吉奥不断地搜寻马斯亚夫的钥匙还在君士坦丁堡卷入了拜占庭王室的内部斗争之中。
这些马斯亚夫的钥匙从造型上来就是一张张散发着金光的圆碟显然是先行者们科技的产物这其中也蕴含着阿泰尔的记忆这些记忆是戴斯蒙之前也没有见到过的。
原来阿泰尔晚年在马斯亚夫建立了一个图书室把自己的一生简述给尼克罗·波罗。同时阿泰尔把刺客们派遣到世界各地因为阿泰尔刺杀了成吉思汗引来了蒙古军队的报复所以阿泰尔把自己的密函、图书室钥匙等给予尼克罗·波罗这位探险家并希望有朝一日有一名刺客可以找到这里。
在老宋以戴斯蒙的视角体验这一切的时候他的心情是复杂的。
艾吉奥成功打开了图书室的大门一路点燃墙壁上的火把。但那里面却是空空如也只有过了那么多年依旧等待着的阿泰尔的遗骨。
在阿泰尔的记忆中年迈的阿泰尔和自己的儿子道别而后进入图书室中沉重的大门在他的面前落下。
阿泰尔颤颤巍巍地向前走着将墙壁上的火把依次熄灭把自己的金苹果妥善地藏好。
【坐下来休息一会儿。】
视野中出现了一行小字阿泰尔摸索着房间中央的椅子颤巍巍地坐了下来看着手中的马斯亚夫钥匙仿佛陷入了沉思。
但镜头一转已是四百多年后。
经过无数的波折和坎坷这两位最伟大的刺客大师终于见面了以一种谁都没有猜到的方式……
金苹果亮起了光芒在与先行者们接触过这么多次之后艾吉奥明白了自己只是一个传声筒他经历了这么多都只是为了让戴斯蒙能够通过自己的记忆获得先行者们的信息。
在游戏的最后戴斯蒙获得了先行者们传达的信息原来在数万年前地球曾经遭遇过一次恐怖的灾难而这次灾难直接导致了先行者文明的灭绝。而现在灭世灾难即将再度降临而拯救世的希望完全寄托在了戴斯蒙的身上……