永嘉四年六月，刘渊死，其子刘和继位，另一子刘聪弑而代之。刘聪遣其帝刘璋与石勒共同进犯徐州、兖州，洛阳四面楚歌，其势危矣。
当时洛阳城内缺粮，东海王号召天下兵马入京勤王，结果没人来。最后司马越迫不得已，只好自己亲自披挂上阵，出讨石勒。怀帝对司马越说:“现在贼兵进犯，王室蠢蠢欲动，恐怕皆有异志，你走了以后，京师怎么办？”司马越回到:“现在贼兵已逼近洛阳，如果不能将他们击败于外围，那么京师就更加危险了。”于是，司马越率兵出许昌前往迎敌。京师缺少守卫之兵，盗贼公行，不能自立。
周馥督扬州，镇守寿春，他向上奏请圣上迁都寿春，还献上了自己据敌的计划。他越过东海王直接上书皇帝，司马越知道后非常生气。于是司马越召周馥与淮南太守裴硕，周馥不肯去，让裴硕先行。裴硕与周馥不一条心，以周馥违命为由，举兵袭越，被周馥打败，退守东城。裴硕向司马睿求救，司马睿遣甘卓、郭逸去攻打周馥，安丰太守孙惠也率兵去救，周馥大败，逃到项城，被新蔡王拘捕忧愤而死。
南方叛乱既平，东方战乱又起。永嘉五年，怀帝密诏苟晞讨伐司马越。三月，又下诏全国书司马越罪状，让各镇起兵讨伐，晞为大将军。司马越忧愤成疾，死在项城。他死之后，襄阳王司马范接替他，将他藏在东海。司马越率众离京时，让太尉王衍负责保卫京师，他死之后，众人推衍为主，率众东下，后被石勒军打败杀死。右卫李晖听说司马越死了秘不发丧，带着裴妃和司马越的世子逃出洛阳。被石勒打败，宗室三十六王全部被杀，到这时晋的兵力已经被消磨的差不多了。
五月，苟晞上表请怀帝迁都到仓垣，皇帝本来要答应的，但是众臣害怕潘滔，不想迁到那去，再加上宫中的人贪恋财物也不想走。洛阳城内饿殍遍地，竟出现了人吃人的现象，百官流亡者十之八九。怀帝带领朝士数十人出宫欲往仓垣而去，不想被盗贼劫掠，不得已又回到宫中。呼延晏率兵攻打洛阳，洛阳甚急，帝准备好船只打算经济河东逃，结果船都被呼延晏烧了。六月，洛阳被攻陷，刘聪封怀帝为会稽公。没过多久，怀帝被杀死，时年三十岁。