新的企划公司的名字和第一个企划确定下来之后，相关的筹建工作便有条不紊地继续展开着。
电视上，《命运石之门》这部动画也继续以每周一话的速度播出着。
和不少人猜测的一样，真由理并没有彻底被拯救，虽然第十五话和第十六话，连续两话一次都没死过，但第十七话的开头，真由理又死了。
死因是SERN的那些人冲进研究所，一枪将她打死的，只不过死亡时间推迟了一天。
当然，死之前也少不了那句台词：“啊咧？真由喜的怀表停了，好奇怪啊，明明刚刚上过发条的。”
真由理死后，男主自然又一次利用时间跳跃机器穿越回到过去。
不过这一次，他第一时间就找上牧濑红莉栖，向牧濑红莉栖请求帮助。
牧濑红莉栖得知情况后，先是朝男主说了一句：“你不断重复时间跳跃，无数次地经历那个瞬间...很痛苦吧？”
之后，她帮男主分析情况，分析过后，得出一个结论：想要移动到β世界线，就必须得到IBN5100，但IBN5100之前还在的，是因为发送了D-MAIL才消失的，所以，说不定只要逆向消除之前发过的D-MAIL，就能重新获得IBN5100。
接下来的展开，也如网友们所猜测的那般，基本上是一话一个故事，更具体地说就是男主为了逆向消除D-MAIL所做的事。
首先是要消除菲利斯的那封D-MAIL，但糟糕的是，男主根本不知道当初菲利斯发的那封D-MAIL的内容，只能跑去找菲利斯。
菲利斯刚刚赢下一个比赛，但比赛结束后，对手因为输了比赛不甘心，要报复她。
男主的出现，算是帮了菲利斯一把，尽管他被揍得很惨，最后是菲利斯的父亲赶到才能成功脱险。
在和菲利斯一起被追赶的途中，男主将另一个世界线秋叶原的情况告诉菲利斯，还带着菲利斯去了另一个世界线的女仆咖啡厅MayQueen所在的地方，让菲利斯渐渐地回想起另一个世界线的事情。
D-MAIL的内容也被她记了起来，不过，那封D-MAIL居然是要让她十年前去世的父亲复活。
一旦这封D-MAIL被消除，秋叶原会恢复，但她的父亲也会...
菲利斯的父亲是个很好的人。
在菲利斯家里面，男主再次询问起关于IBN5100的线索。
菲利斯父亲说，原本IBN5100是桥田铃交给他，让他帮忙保管的，但很久以前有一次，菲利斯被绑架，偏偏他的公司规模还没现在这么大，根本凑不出赎金，刚好那时候，有人表示要高价收购IBN5100，所以他就出手了。
之后，男主跟菲利斯在房间里面单独相处。
在确认过不消除D-MAIL，真由理真的会死之后，菲利斯告诉了男主她被绑架的真相。
“十年前，我八岁生日的时候，跟爸爸说好了一起出去玩，但是爸爸因为工作而没能去成，虽然是没办法的事情，但我却感到十分寂寞，以为爸爸是不是不再爱我了，还说了‘再也不理爸爸了’，‘爸爸去死就好了’这样的话，然后...这竟然成了跟爸爸最后的对话。”
飞机失事，她的父亲就是死于那场事故之中。
为了改变父亲死亡的过去，她就发了D-MAIL到十年前父亲的手机上，内容是：“女儿在我手里。赎金一亿。去乘新干线。”
讲诉完真相，菲利斯便将自己的决定告诉男主：她会发送消除之前的那封D-MAIL的邮件。
“已经...是时候从梦中醒来了。”菲利斯含泪说道。
菲利斯的那封D-MAIL被消除，秋叶原恢复成原本的模样，然而，男主去了柳林神社，却发现柳林神社里面并没有IBN5100，尽管十年前，菲利斯确实将IBN5100供在了那个地方，并且到去年为止都还在。
必须继续逆向消除D-MAIL。
第二封要消除的是漆原琉华的D-MAIL，这也是第十八话的主要内容。
不同于菲利斯的D-MAIL，漆原琉华的那封D-MAIL，内容是什么，男主知道得一清二楚，但是他并不知道漆原琉华母亲的BP机号码，而且他也不愿意违背漆原琉华的意愿，偷偷摸摸地做这种事情。
他找上漆原琉华，将漆原琉华原本是个男人的事情说了一下，结果毫无疑问地将漆原琉华弄哭。
不过，冷静下来之后，漆原琉华又将男主叫到柳林神社那边，然后告诉男主，她愿意相信男主说的话，但是...作为恢复男儿身的补偿，她希望男主能当她一天的恋人，跟她约会，因为她喜欢男主。
男主一开始是抗拒的，因为这个世界线的漆原琉华虽然是个女孩子，但漆原琉华对他来说一直是个男的。
跟男人约会，他实在接受不了，不过，看漆原琉华哭，他还是答应了下来，甚至，看到漆原琉华抹着眼泪，一副楚楚可怜的样子，他还稍稍心动了一下。
接下来就是跟漆原琉华约会。
一开始，男主向牧濑红莉栖请教，还上网查找约会相关的一些资料。
到第二天，在牧濑红莉栖的打扮下，他穿上西装，跟寻常人一样去跟漆原琉华约会，只是，没有了白大褂，他整个人也变了，跟漆原琉华约会，变得十分拘束，非常不自然。
不管怎样，男主遵守约定，跟漆原琉华约会了，所以约会结束，漆原琉华就将母亲的BP机号码给了他。
回到研究所，即将发送消除用的D-MAIL，真由理回来，一句话开解了男主，让男主意识到自己做错了什么。
他让桶子暂停发送D-MAIL，然后披上白大褂，去柳林神社，找漆原琉华重新来一次约会。
这一次的约会之后，漆原琉华说出了关于IBN5100的情况：“确实，直到去年正月，它一直都待在我家的仓库里，但是我把它弄坏了，在打扫仓库的时候。”
她感到十分自责，之所以愿意恢复男儿身，估计也有一点这方面的原因。
等到D-MAIL被消除，漆原琉华恢复男儿身，但男主还是没能得到IBN5100。
必须继续逆向消除D-MAIL。
不算买彩票的那封D-MAIL，剩下的就只有桐生萌郁的D-MAIL。
每消除一封D-MAIL，真由理的死期就会被延后一天。
也就是说，真由理哪一天会死，男主知道得一清二楚，只不过究竟是哪个时间点死亡，还有待见证。
因为缺少桐生萌郁的相关信息，男主原本是打算先记下真由理的确切死亡时间，然后进行时间跳跃，解决桐生萌郁的那封D-MAIL的。
但牧濑红莉栖提出要陪着真由理，让男主先去解决桐生萌郁的那封D-MAIL，希望能赶在真由理死之前将那封D-MAIL消除。
她还告诉男主：“不管什么事都可以告诉我，无论什么事，无论什么时候都来找我商量吧。不要忘记，无论你身处哪条世界线，你都不是一个人，还有我在。”
第二天，牧濑红莉栖陪真由理去了原本她不愿意去的漫展，男主则通过各种渠道收集信息。
好不容易找到桐生萌郁的住所，令男主惊讶的是，桐生萌郁居然自杀了。