申时行与王锡爵日间的简单会晤没有达成一致看法，或者应该说两人都没法准确断定高务实在本次京察中的实际目的。
京察嘛，搞掉一些对方的人，换上一些自己的人，这是正常操作，大家都是很清楚的。只不过高务实做事对于他们而言有时候显得太过天马行空，很难抓住他的意图来进行相应的准备。
申时行倾向于认为高务实打算在南京官场动大手术，换言之就是把南京的实权拿到手。
虽然说京察主要针对的是四品以下官员，南京六部的堂上官们是直接找皇帝交自陈，最终由皇帝决断谁留谁滚蛋，但实际上四品以下官员掌握实权的并不少。
与绝大多数朝代不同，有明一代是正式实行“双京制”的。众所周知，南京作为中国历史上少有的十几个政权定都的城市，其地理优势不言而喻。
朱元璋起兵之时就对南京的优势非常清楚，他前期的谋臣冯国用就曾建议朱元璋先定金陵，曾向朱元璋建议：“金陵龙蟠虎踞，帝王之都，先拔之以为根本。然后四出征伐，倡仁义，收人心，勿贪子女玉帛，天下不足定也”。
由于当时江浙的经济优势冠绝南方，所以占据南京就等于拥有了江浙的财富根基，因此朱元璋也能够在处于四战之地的情况下游刃有余，扫平了陈友谅、张士诚，进而北伐中原。
但是这并不代表朱元璋对定都南京是完全满意的，其实在朱元璋的心里，南京过于偏安一隅，不能够稳定全国，一直有所谓“以金陵为南京，大梁(开封)为北京，朕于春秋往来巡守”的想法。
不过等到洪武十一年，朱元璋经过深思熟虑之后认为，大梁也就是开封由于地理位置是四战之地，并不适合成为都城，但朱元璋从未放弃过寻找新的都城，他的目标有三个：“洛阳、西安、北平”。这三个城市各有优势，不过朱元璋还没来得及做好决定就驾崩了。
朱棣发动靖难之役夺取皇位之后，几乎立刻开始考虑迁都问题，原因也很简单，毕竟北京是自己的“龙兴之地”，所以他非常的想给自己的承继大统加上一个合理的理由，所谓“自昔帝王，或起布衣，平定天下，或外藩入承大统，而于肇迹之地，皆有升崇。”
另一方面，北京地理位置更加利于对抗蒙古、控制北方，所以朱棣决定迁都。到了永乐十八年，北京宫殿营建完毕，朱棣彻底决定迁都北京，而改南京为留都，但是这并不代表明朝从此就把北京当成唯一的都城了。
朱棣死后，明仁宗朱高炽一度想要迁都回到南京，后来明宣宗及时叫停，从此北京的地位才开始稳固。
都城迁了，但并不代表机构也完全搬过来了。当时的情况是南京的衙门由于在迁都过程之中还得审理案子，维持全国运转，所以就没有裁撤，而迁都完成之后南京衙门就没用了，所以永乐后期南京的六部前面全部加上“南京”二字，这样也就形成了明朝独具特色的南京六部。
南京的六部相比北京的六部，其实看上去也没差太多。根据大明朝廷的制度，六部各设有尚书一人(正二品)、左右侍郎各一人(正三品)，都察院设有左右都御使(正二品)、左右副都御史(正三品)、左右全都御史(正四品)，下辖十三道监察御史一百一十人。
这些机构南京也是有的，但与北京六部仍有区别：南京的六部是没有左侍郎的，吏部的衙门也没有员外郎，南京都察院也没有左都御史。
南京六部平时基本上没有什么事，比如南京刑部只能管理南京的案件，别的地方的案件无权审理；南京的吏部也是只能考核南京地区的官员。大部分的南京衙门都是养老的圣地，大家从北京退休就到南京享受待遇，不亦快哉。
但是这并不代表南京的衙门就不重要了，作为巩固大明帝国陪都的系统，南京六部在关键时刻(比如说清兵入关)还是能发挥作用的，至少直接就能接管半壁江山，可见平时大家都认可“南京管理南方”这一思路。不过平时南京的最高行政机构却不是南京的六部，而是南京的“守备会议”。
南京平时是设立一个守备的，作为替天子看守南京的存在，南京守备大部分都是王公大臣，其中绝大多数时候由魏国公出任。而由守备、参赞、内守备等官组成的守备厅会议，则是南京最高权力所在。
这个组成有一定的制度性，其中南京参赞机务是南京兵部尚书兼任的，所以南京兵部尚书也是南京六部里面作为特殊的存在，它确实是有实权的，而且实权很大，所谓：“故其职视五部为特重云”。
北京六部里面吏部尚书被称为“天官”，可以掌握四品以下官员的升迁任免，对于更高级官员的任免、调整，天官也有极强的建议权。但是南京六部里面则以南京兵部最强，可以掌握南京地区所有的军队训练和守备军费，也就是说南京兵部尚书在关键时刻可以调动军队支援北京。
不过南京的六部毕竟是陪都的六部，实际上无论干什么都得被北京六部牵制。比如说南京的礼部想要举行祭祀活动就得先请示北京礼部；南京吏部的官员选拔被北京吏部掌握；南京户部的财政虽然自己去收，但收完之后得上交给北京户部……诸如此类。
所以实际上也有不少南京官员感觉很憋屈，毕竟虽然名字差不多，官员地位(指行政级别)按理说也一样，但是实际上北京官员是正妻，南京官员只能算妾侍。
申时行的看法是，高务实可能会利用南察掌控南京六部实际管理各项事务的郎中、主事们——与北京六部一样，尚书、侍郎不可能亲自管理到具体细节，细节事务的管理权都在各部各司郎中和主事的手上。
郎中正五品，主事正六品，都在南察的范畴之内。在申时行看来，高务实要直接换掉南京六部的堂上官还是很难的，但如果只是换一些郎中、主事之流，在祭出了海刚峰之后，那就完全可能办到，而这样也能实际掌控南京的行政体系——反正尚书侍郎们在大事上也得听北京的，这么做等于把南京六部架空，上下两不挨。
至于守备会议，南京守备勋臣是高务实捧起来的魏国公徐邦瑞，南京内守备是陈矩的人，仅剩一个南京兵部尚书又是个中立派，高务实不必插手也不会坏他的事。
不过王锡爵的观点和申时行却不同，他认为高务实不会“全面开花”，而一定会有所侧重。这个侧重，王锡爵认为十有**会是在财政问题上。确切的说，很可能应在南京户部头上。
南京户部也是有一定实权的，它负责征收南直隶以及浙江、江西、湖广诸省的税粮(此四地所交税粮几乎占了大明一半)，同时还负责漕运、全国盐引勘合。
特别是盐引堪合这件事，明朝从始至终一直由南京户部负责这一事务，其中只有两年南京户部不负责这个事务：正德三年，刘瑾变法，改由北京户部负责，“南京引板，俱令销毁”；但在正德五年，刘瑾被诛后户部奏请“刷印盐引，仍隶南京户部”，获得批准。此后一直未变。