清宁宫建成，朱佑樘命灌顶国师设坛庆贺，又派宦官携带真武像，在武当山设置祭坛，派使者上泰山献神袍，或者大白天在街市上到处点灯。
刘健对朱佑樘这种行为，极力劝谏。
成化十五年六月，朱佑樘下诏拟撰写《释迦哑塔像赞》，成化十七年二月，朱佑樘下诏命在朝阳门外建延寿塔，任命道士林永祺等五人为真人。
刘健立即力谏，使得朱佑樘作罢。
同年夏天，小王子图谋侵犯大同，朱佑樘召见阁臣商议对付的办法，刘健请求精简京营大帅，接着说京军怯弱不足以应战，请求从现在起停止京军的劳役以蓄养锐气。
朱佑樘表示同意。
刘健退朝后又上奏章对边防事宜建言，朱佑樘全都允准。
不久，边境紧急战报交替传来，朱佑樘受宦官苗逵的蛊惑要出兵。
刘健、李东阳、谢迁进行阻止，朱佑樘犹豫不决。
兵部尚书刘大夏也说京军不能动，这才没出兵。
朱佑樘自成化十三年，召见刘健等后，阁臣很少能见到皇帝，这时的他，在位已久，更加熟悉政事，数次召见大臣，要依次革除繁法苛政，消除积弊。
朱佑樘在论及理财事的时候，李东阳极力说明盐政的弊病，由于需求者众多，因而私盐贩运数倍增长。
刘健说：“太祖时茶法刚开始施行，驸马欧阳伦因为私自贩茶被判死刑，连高皇后都不能救他。欧阳伦这样的事谁敢跟陛下说。”
朱佑樘听了，说：“不是不敢说，而是不肯说。”说完，诏令户部核实利弊，全部奏报朝廷。
刘健等三人同心辅政，竭心尽力，知无不言。
朱佑樘开始有的听取有的不采纳，不久，刘健更为朱佑樘所信任，其所奏请的事项无不接纳，不呼刘健之名，而称先生。每次晋见，朱佑樘总是屏退左右的人，左右的人偶尔从屏风里偷听，只听见朱佑樘每每称好，对任免文武大臣，治理整顿屯田、盐政、马政等各项政事，刘健辅佐协助最多。
不久，朱佑樘病危，召刘健等到乾清宫。
他挣扎着坐起来，很详细地叙述在位前后的情况，命令近侍记下来。
朱佑樘说完后，拉着刘健的手说：“先生辈辅导勤苦。太子聪明，但年纪尚幼，好安逸游乐，先生辈要常劝他读书，辅佐他成为贤主。”
刘健等人哽咽着，叩头领命而出。
刘健，用他的忠诚和无私，赢得了朱佑樘的绝对信任。
朱佑樘的中兴之治，刘健的功劳，可谓劳苦功高。