商辂被贬出朝廷后，一直到了成化三年二月，才被召至京城，朱见深命他以原来的官职进入内阁。
商辂上奏推辞，朱见深说：“先帝已知你是冤枉的，就不要推辞了。”
商辂，终于迎来了他的治国。
他首先陈述勤奋学习、采纳谏议、储备将领、防守边疆、减省多余官员、设置义仓、尊崇先圣名号、广泛制定士法，共八件事。
朱见深赞许并采纳了。他所说的采纳谏议，是请求召回复用元年以后因进言而被贬斥的人，于是罗伦、孔公恂等全部回复了官职。
成化四年，彗星出现，给事中董旻、御史胡深等人弹劾不称职的大臣，都涉及商辂。
御史林诚攻击商辂曾经参与更换太子，不适宜任用，朱见深不听，商辂因此请求辞职。
朱见深愤怒，命令在朝廷查问那些进言的人，想给以严厉谴责。
商辂说：“臣曾经请求优待宽容进言的人，现在议论到臣反而责备他们，对公众舆论又怎么解释呢。”
朱见深非常高兴，董旻等各赐予手杖恢复官职。
不久，商辂进升为兵部尚书。
之后，发生了仁寿太后的田户与百姓争夺田地的事件。
朱见深想把百姓迁徙到塞外。
商辂说：“天子以天下为家，哪里用得着庄园。”
这件争田事件，才得以平息。
乾清宫大门发生火灾，工部请求到四川、湖广采集木材。
商辂进言说应该稍微延缓一下，以保持警戒畏惧，朱见深听从了他的话。
如果朱见深一直这样任用商辂这些正直为国的大臣，那么，大明的盛世，将继续延续，可惜的是，商辂终究还是不被重用。
商辂得罪了俩个不能得罪的人，一个是万贵妃，一个是西厂的汪直。
万贵妃见皇帝那么重用商辂，自然也非常看重商辂了。
她拿出父亲的画像，嘱托商辂写赞语，并赠送金钱礼物，非常丰厚。
商辂竭力推辞，使者告诉他是万贵妃的意图。
商辂说：“不是皇帝的命令，不敢接受。”
万贵妃听了，非常不高兴了。
商辂始终没有顾及万贵妃的面子，而是把礼法看得非常重。
这是商辂得罪万贵妃的一事，另外，还有一事，就是立太子。
万贵妃和朱见深生的悼恭太子死掉后，继承人的位置便空出来。
万贵妃还想着自己再生个太子出来，所以，后宫中，凡是怀孕的宾妃，她就设法让她生不出孩子。
所幸，纪妃生有皇子，没有被万贵妃发现。
商辂请求诏礼部拟定上报这个皇子的名字，于是，朝廷大臣相互祝贺。