忽必烈还赞同用传统的中国方式记载元朝历史的建议，这也使他得到儒士的称赞。儒学重视过去，强调利用历史经验指导行为，所以它为这种官方认可的编年史工程提供了依据。他还建议朝廷在翰林院下建立翰林兼国史院以搜集记录并且撰写辽史和金史。
另外，他允许回回人组成实际上自治的社团以回回宗师作为领导，由哈的为他们解释穆斯林法律。回回居民区有他们自己的集市、医院和 清真寺，不禁止他们使用自己的民族语言，也不禁止他们遵循伊斯兰教意旨。
事实上，忽必烈任命回回人在财政机构担任重要职位并给予他们特权。
他豁免他们常规的赋税，并且招募他们担任汉人极少能够担任的达鲁花赤。
忽必烈对于吐蕃的管理，也是采取了包容的政策。
公元1264年，忽必烈建立总制院，管理吐蕃并监督政府和佛教僧徒的关系。八思巴成为总制院的第一位行政长官。
在敌对的佛教派别必里公派领导的反叛中，八思巴在吐蕃的权威受到挑战。
公元1267年，忽必烈调兵帮助这位年轻的佛教教长恢复了权力。
公元1268年，忽必烈的军队打垮了持异议者后，他虽然恢复了八思巴的权力，但又安置了一位蒙古人为吐蕃的宣慰使来帮助控制吐蕃。
公元1258年忽必烈在佛道辩论中对佛教的支持使他不为道教所喜爱。然而他为道教驰名的法术所吸引，并承认他们对较低阶层群众有吸引力。因此朝廷为建设道观提供资金，并向他们提供佛教已得到的相同豁免和特权。一些道教领袖意识到需要与佛教和蒙古人相容共处，并且首先寻求儒、佛、道三家的和解。
可以说，忽必烈为了民族的团结，做出了自己最大的努力。
所以，忽必烈发动的军事战争，虽然对被征服地区的人民带来了浩劫，但在历史上仍能获得不错的评价。
他是一个比较成功的新秩序建立者，也是少数能够重视汉文化，推崇儒术的蒙古统治者之一。
他虽来自游牧民族，但十分重视中原农业的恢复和发展。
马可·波罗将忽必烈尊崇为“诸君主之大君主或皇帝”，称赞忽必烈是“人类远祖阿丹（Adam）以来迄于今日世上从未见广有人民、土地、财货之强大君主”，并认为这是“彼实有权被此名”。
《元史》对他的评价是：世祖度量弘广，知人善任使，信用儒术，用能以夏变夷，立经陈纪，所以为一代之制者，规模宏远矣。
毕沅在《续资治通鉴》中评价忽必烈说：帝度量恢廓，知人善任使，故能混一区宇，扩前古所未有。惟以亟于财用，中间为阿哈玛特、卢世荣、僧格所蔽，卒能知其罪而正之。立纲陈纪，殷然欲被以文德，规模亦已弘远矣。
我们评价历史人物，尤其是帝王，就是要看他为国家、为历史带来的贡献，至于人格、私生活，是完全可以忽略的；我们之前说过，武则天的人格和私生活不行，仍然是个优秀的皇帝。至于忽必烈，不但是人格、私生活都没得指责的人，还是一个对国家和历史有重大贡献的人，就这两点，远胜武则天！他唯一给人诟病的是发动了许多战争，给百姓带来了浩劫。可是，我们从大一统的角度来看的话，他又是为历史做出巨大贡献的。所以，他是一个伟大的皇帝！