高太后垂帘的八年中，旧党不仅控制了整个朝廷，对新-党的打击和倾轧也始终如一，从未放松过。旧党刘挚、王岩叟、朱光庭等人甚至竭力搜寻新-党章惇、蔡确的传闻轶事，任意加以穿凿附会，对其进行诋毁，其中最典型的便是车盖亭诗案。
车盖亭诗案是北宋开国以来朋党之争中以文字打击政敌面最广、力度也最大的一起文字-狱，旧党利用高太后对蔡确等人的不满，捕风捉影，对整个新-党集团进行一次次斩草除根式的清算。在蔡确被贬新州时，旧党将司马光、范纯仁和韩维誉为“三贤”，而将蔡确、章惇和韩缜斥为“三奸”。他们将王安石和蔡确亲党名单张榜公布，以示警告，同时对元祐元年被司马光斥逐的新-党人员章惇、韩缜、李清臣和张商英等人再加以重贬，又铲除在朝的新-党，如李德刍、吴安诗和蒲宗孟等人，都被降官贬斥。司马光的同僚及追随者们在高太后的支持下，欲给新-党以毁灭性的打击，来巩固自己的势力。
但是，随着高太后的衰老和赵煦的成长，不仅旧党成员，连高太后也感到山雨欲来、新-党复起的政治气氛。
元祐八年，公元1093年八月，高太后垂危时，她告诫范纯仁和吕大防等人：“老身殁后，必多有调戏官家者，宜勿听之，公等宜早求退，令官家别用一番人。”实际上是已经预感到赵煦准备起用一批新人，要他们提前准备，尽早退出朝廷，以保全身家性命。
后来事实证明，赵煦亲政后，凡是高太后垂帘时弹劾新-党和罢免新法的官员几乎无一人幸免于报复。
高太后去世后，赵煦亲政。
赵煦亲政后，开始发泄自己多年来的压抑，大力打击元祐大臣，他追贬司马光，并贬谪苏轼、苏辙等旧党党人于岭南，甚至在章惇等人挑拨下，直指高太后“老奸擅国”，欲追废其太后称号及待遇。
他接着重用革新派如章惇、曾布等，恢复王安石变法中的保甲法、免役法、青苗法等，减轻农民负担，使国势有所起色。次年改元“绍圣”，并停止与西夏谈判，多次出兵讨伐西夏，迫使西夏向宋朝乞和。
他对西夏战争虽然获得了胜利，但也战争带来的危害，使得国家陷入了更加艰难当中。
元符三年正月十二日，公元1100年2月23日，赵煦病逝于开封府，年仅二十四岁，在位十五年。四月，谥号宪元显德钦文睿武齐圣昭孝皇帝，庙号哲宗。八月，葬于永泰陵。
他亲政的七年中，因不满司马光的“以母改子”，不满元祐旧臣早年对他的冷落，更不满高太后对他的种种压抑，因此，对旧党的仇恨心理不亚于元祐时被打击的新-党。
绍圣初年举行郊祀大礼，按例，朝廷要颁布大赦诏令，通常连死囚都免去死刑。有大臣请示赵煦，可否赦免贬谪的旧党官员，赵煦立刻拒绝。
绍圣四年，公元1097年，有人建议让谪居岭南的刘挚等人“稍徙善地”，以“感召和气”，赵煦却说：“刘挚等安可徙！”连在岭南附近做些调动也不允许。
而对于王岩叟，赵煦指责他当初贬蔡确时，实际上是将矛头对准自己，用心极险恶，也就更加痛恨他。
赵煦的这些言行相当于宣判了旧党人政治上的死刑，至少在赵煦统治时期，他们永无翻身之日。
仅元符元年重新惩处的元祐旧党就达八百三十家之多。
赵煦这种做法，逞快一时而贻害无穷，诚如《宋史·哲宗纪》所说：“党籍祸兴，君子尽斥，而宋政益敝”。与此同时，经济上虽以恢复新法为号召，实质上只是恢复元丰年间实施的条例，熙宁新法注重发展生产的内容被阉割了，而在抑制兼并势力等方面，比起元丰来更大为倒退，社会改革的进步性质丧失殆尽。