这时候，要陷害李贤的人就趁机而入了。
有术士明崇俨，深得李治和武天后信赖，他看到太子李贤不中武天后意，当下对武天后说：“太子不堪承继，英王貌类太宗”，英王，也就是武天后的第三子李显，又说“相王相最贵”。
李贤听闻之后，深恨这个明崇俨。
这时，皇宫中又流言说李贤不是武天后亲生，而是武天后的姐姐韩国夫人与李治的儿子。
李贤听了，顿生疑虑，更感到恐惧。
武天后又送《少阳政范》和《孝子传》给李贤，责备他不懂得为人子、为太子，还曾亲手书信斥责，这些让李贤越发感到不安。
公元679年，明崇俨被杀害，迟迟抓不到凶手。
武天后怀疑是太子所为，对李贤就更加的不能容忍了！
调露二年，公元680年，武天后派人揭发太子阴谋，在东宫马房里搜出数百具铠甲，被定为谋反凭证，命令薛元超、裴炎、高智周办理此案。
这数百具盔甲，当然是武天后派人去放在东宫的。
李治一向喜爱李贤，想要宽恕他，但武天后坚持说:“为人子心怀谋逆，应该大义灭亲，不能赦免罪行！”
此时的李治，是完全掌控在武天后手里的李治，所以，他说的不算，于是，被废为庶人，幽禁在长安。
武天后又收缴的铠甲在天津桥焚毁，借以昭告天下。
太子的近臣张大安、刘讷言等遭到贬职流放，高政被私刑处死，曹王李明也受到牵连，遭到废杀，连坐者十多人。
永淳二年，公元683年，幽禁数年的庶人李贤被流放到偏僻的巴州，走时妻儿仆从衣缕单薄，十分凄凉。皇太子李显为此上书恳请帝后怜悯，稍赐春冬衣物。
第二年，李治驾崩，中宗李显继位，但仅一个多月就被武天后废黜而改立睿宗李旦，武天后由此彻底把持朝政。她听闻李贤写了一首《黄台瓜辞》，看后大怒，此诗如下：
种瓜黄台下，瓜熟子离离。
一摘使瓜好，再摘令瓜稀。
三摘尚自可，摘绝抱蔓归。
李贤是希望武天后能够幡然醒悟，不要对儿子斩尽杀绝，可惜，武天后和别的母亲不一样，凡是不听她的话的儿子，她都要斩尽杀绝，所以，李贤的规劝，她只当做羞辱，大怒之后，命令左金吾卫将军丘神绩前往巴州校检庶人李贤的住宅，说是防备他谋反。
丘神绩到巴州后，将李贤囚禁别室，逼令自杀，年仅二十九岁。
武则天得知李贤死讯后曾在洛阳显福门举哀，并将丘神绩贬斥，但不久后又重获启用。可见，杀李贤，就是武天后的旨意。
李贤治国的能力，在他监国的时候，自然展示过，不过，鉴于他没有当上皇帝，所以，政治上的作为很少；他流芳后世的，是他对《后汉书》注释，今称“章怀注”，是研究《后汉书》的重要史料。
清代学者王先谦称赞说:“章怀之注范，不减于颜监之注班”，将李贤的注释比肩颜师古注释班固的《汉书》。
对于百分之九十九点九的人来说，有李贤这样的儿子，都要引以为自豪，哪里会去杀死他？可惜的是，武天后是那种百分之零点一的人，所以，再优秀的儿子，只要不服从她，都得死！
公元684年，上官婉儿前去巴州看望李贤，行至此地，听闻太子被害，就在木门寺旁李贤曾经翻晒经书的“晒经石”上修建亭子，题写一首《由巴南赴静州》:“米仓青青米仓碧，残阳如诉亦如泣。瓜藤绵瓞瓜潮落，不似从前在芳时。”
诗中，对李贤的死，无限的慨叹。实际上，人生不都这样吗？
瓜藤绵瓞瓜潮落，不似从前在芳时······
为了权力泯灭人性的武天后，最后也要经历瓜潮落的那一天，也要拖着病体，孤独地感叹“不似从前在芳时”······