李世民在进击王世充的时候，盘踞在江陵的南梁萧铣政权派舟师溯江而上，企图攻取唐朝峡州、巴、蜀等地，被峡州刺史许绍击退，遂退守安蜀城及荆门城。
为了削平南梁萧铣这一割据势力，唐高祖李渊调李靖赴夔州安辑萧铣。
他之所以派遣李靖去，一是希望他平定萧铣，二是为了处死李靖。
只要李靖平定不了萧铣，李渊就将处死李靖。
李渊他一直忘不了的是，李靖曾经想举报自己作乱！
这个仇，他始终没有忘记。
李靖奉命，率数骑赴任，在途经金州时，适遇蛮人邓世洛率数万人屯居山谷间，庐江王李瑗进讨，接连败北。
李靖为庐江王出谋划策，一举击败了蛮兵，俘虏甚多。这才顺利通过金州，抵达峡州。
这时，由于萧铣控制着险塞，再次受阻，迟迟不能前进。
李渊却误以为他滞留不前，贻误军机，当下秘密诏令许绍将他处死。
许绍爱惜他的才干，为他请命，李靖这才免于一死。
不久，开州蛮人首领冉肇则叛唐，率众进犯夔州，赵郡王李孝恭率唐军出战失利，李靖则率八百士卒袭击其营垒，大破蛮兵。
之后又在险要处布下伏兵，一战而杀死肇则，俘获五千多人。
当捷报传到京师时，唐高祖高兴地对公卿说：“朕听说使用有功劳的人不如使用有过失的人，李靖果然立了大功。”当下立即颁下玺书，慰劳李靖说：“卿竭诚尽力，功绩特别卓著。天长日久才发现卿无限忠诚，尽量给你嘉奖赏赐，卿不必担心功名利禄了。”
李靖用他的战绩，博得了李渊的信任，改变了对他的成见，并亲笔写敕书与李靖说：“既往不咎，以前的事我早就忘了。”
可以说，李渊至此才彻底的放开心结，不再记恨李靖。
武德四年，公元621年正月，李靖上书李渊，陈攻灭萧铣的十策。
李渊看了之后，非常的重视，二月即任命李孝恭为夔州总管，擢任李靖为行军总管，兼任孝恭行军长史。
李渊又以为李孝恭不太精通军旅之事，“三军之任，一以委靖”。
这时的李靖，实际上已成为三军统帅。
他立即组织人力和物力大造舟舰，组织士卒练习水战，做好下江陵的准备。同时，他见巴、蜀之地归附唐皇朝不久，各部族还不太稳定，为了解除后顾之忧，他劝说李孝恭把各部族酋长子弟都召集到夔州，根据才能的优劣分别授以官职，安置在左右，“外示引擢，实以为质”。
这样一来，唐军就稳固巴、蜀政局，没有了后顾之忧。
八月，李靖在夔州聚集军队。
萧铣认为当时正值秋汛时期，江水泛滥暴涨，三峡道路险阻，断言李靖不可能进兵，于是令军队休息不加防备。