司马绍继位之后，王敦再次举兵攻打京师。
这时的王敦开始有病，王导不管王敦死没死，率子弟们发哀，说王敦已死。
众人听闻，以为王敦死了，都有讨伐钱凤叛贼之志。
晋明帝讨伐王敦，便给王导调兵的节符，都督诸军，领扬州刺史。
这一点，说明皇帝对王导是十足的信任。
后来，王敦之祸平息之后，王导进封始兴郡公，邑三千户，赐绢九千匹，进位太保，司徒如故，剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名。
司马绍年轻有为，而王导又善于治国。他们俩个联手的话，晋朝会很快走向兴盛。
可惜，司马绍二十七岁，只做了三年皇帝就死了。
他死前，遗诏王导和庾亮，共辅幼主，是为晋成帝。
这个庾亮是司马绍的皇后庾文君的哥哥，也就是国舅了。
司马绍这样的安排，要是庾亮和王导是同一路人，那就没什么，要是不同一路人，内乱就此而起。
事实上，庾亮和王导果然不是同一路人。他一上台，就开始排挤王导。
王导面对庾亮的排挤，他完全可以用实力反击，但是，他没有，他采取了忍让的策略，避让庾亮，也避免的朝廷的内斗。
这个做法是正确的，因为，只有这样做，国家才会有凝聚力，外敌就不能乘乱而入。
不过，王导也不是什么都忍让，在大是大非，国家大决策上，不能做的，他寸步不让。
庾亮想着让自己权力更大，于是，要征历阳内史苏峻入朝，任命为司马。实际上，就是要剥夺他手上的权力。
王导赶紧劝阻了，说：“苏峻奸诈多疑，必定不肯奉诏前来。山川原野中，可以躲藏毒虫猛兽，苏峻在外，还不至于马上发难，应暂时包容不惊动他为好！”
庾亮哪里听他的？只想着拥有绝对大权，当下执意要征苏峻入朝。
他这样一逼苏峻，苏峻只能铤而走险，带兵杀往京师了！
庾亮平时牛叉轰轰，想灭谁就灭谁，连王导都是他想整就整，内心膨胀得像个大气球。哪里知道苏峻一来，一下子戳破了他的气球，才发现，原来自己就是个求！
他面对苏峻的人马，六军败绩，赶紧逃跑到寻阳去了。
王导的做法和他不一样，他是：入宫侍帝。
就是去保护皇帝了！
疾风知劲草，世乱见忠臣！
在这危急时刻，王导想着的是皇帝，真是忠臣！
苏峻攻进京师，认为王导德望极高，不敢加害，当下任命他仍为本官，居自己之右。
苏峻得势之下，便逼皇帝迁都石头城，王导坚决反对。但是，苏峻比王敦还难说话，在皇帝面前都可以肆无忌惮。
这一下，谁也拿他没办法，只得从建康搬到了石头城去了。
王导见苏峻出牌这样不按规则，知道自己都会有不测之祸。
这时，路永、匡术、贾宁这些苏峻的帮凶，当然是要王导死，只有这些人死了，他们才能往上爬，当下劝说苏峻杀了王导，同时尽诛大臣，树立自己心腹。
苏峻还是敬重王导，没有听从他们的话。